Cuerpo Central
Se conoce como “Cuerpo Central” el edificio erguido entre la via Biberatica, hacia el valle, y el área del Jardín de las Milicias y de la via della Torre, con tres plantas y tabernae abiertas a via Biberatica.
La fachada que da a via Biberatica, a pesar de las importantes integraciones de las obras públicas de la década 1930, representa bien las transformaciones sufridas por el complejo trajano en época postantigua.
A las estructuras romanas de ladrillo se superpuso una reconstrucción parcial del siglo XV, con paredes más irregulares y materiales recuperados, que engloba un tramo de la muralla medieval, situada sobre la escalera de acceso.
Una de las salas abiertas a la vía conserva huellas de que fue utilizada como establo, probablemente por el convento de Santa Catalina: pavimento con ladrillos y huellas del cercado de madera para los animales.
Las salas del primer piso, en el mismo nivel que la planta baja de la Gran Aula, son de forma irregulares, carecen de huellas de puertas antiguas y terminan en una sugerente sala semicircular cubierta por una semicúpula rebajada, originalmente aislada. El espacio continúa con una salita triangular en cuyas paredes se aprecian las huellas de los puntales de sostén de la estructura de madera donde se aplicaba el cemento. Esto indica que originariamente se trataba de unos cimientos.
En la segunda planta están presentes una amplia sala en forma de ábside y salas de planta irregular pero muy ornamentadas, con hornacinas rectangulares y semicirculares, alternativamente. Algunas salas disponen de un pozo de luz con molduras de ladrillo para marcar las plantas.
El tercer nivel repite la distribución de las salas, aunque con menor ornamentación. Las salas sur sufrieron importantes reformas en la época postantigua. En la bóveda de una salita se conservan frescos con grotescos (s. XVI), probablemente de la escuela de Taddeo Zuccari.
A diferencia de lo que ocurre actualmente, en su origen, las salas descritas no comunicaban con el edificio de la Gran Aula.
El acceso a este sector totalmente autónomo era a través de un pasaje situado detrás del ábside del segundo nivel, a través de un portal que aún se conserva abierto en la parte que daba a via della Torre. Aquí nacía una escalera interior que conducía al piso superior.