Moyen-âge
Après la chute de l’empire romain, on voit se succéder les interventions de familles nobles de la ville qui se saisissent des différents bâtiments dont elles fractionnent la propriété; les Marchés de Trajan sont ainsi transformés dans l'imposant castellum Miliciae. Le très puissant pape Boniface VIII en prend possession vers 1300 mais ne parvient pas à le garder longtemps en dépit des considérables ressources économiques investies.
En 1312, l’empereur Henri VII, venu à Rome pour être couronné empereur dans la Basilique du Latran, y établit son quartier général: il y loge sa cour et ses troupes et utilise la Tour des Milices, qui occupe la galerie d’un palatium précédent. Dans une première phase, entre 1200 et 1250, la tour était haute et fine, entièrement construite en blocs de tuf; par la suite, entre 1250 et 1280, l’application d'un imposant mur en briques lui donne la forme qui s’est conservée jusqu’à nos jours.
La Grande Salle, gravement endommagée et transformée en grenier à foin, prend le nom de Thermae de Paliariis, probablement du fait de la présence des conduits descendants réalisés avec des tubes très fins.
La reconstruction avec des matériaux différents de segments de la façade du Corps Central sur la Via Biberatica et la perte de sa partie terminale témoignent d’un écroulement désastreux, attribuable peut-être à l’effet destructif du tremblement de terre de 1349; les dégâts furent sans nul doute aggravés par des années d’absence d’entretien. Certaines représentations graphiques réalisées entre le XVe et le XVIe siècle montrent la Grande Salle dépourvue de façade alors que le Grand Hémicycle est partiellement enterré; ce qu’il reste de la décoration en brique des édicules sert tout de même d’inspiration aux auteurs et aux architectes de la Renaissance pour les façades des nouveaux palais de la noblesse.
