Edad Media
Tras el declive del imperio romano, se sucedieron las intervenciones de familias nobles de la ciudad que tomaron posesión de los distintos edificios, fraccionando su propiedad y transformando los Mercados de Trajano en el poderoso castellum Miliciae. El poderosísimo papa Bonifacio VIII se apropió de ellos hacia el 1300, pero no consiguió mantener su propiedad demasiado tiempo a pesar de los ingentes recursos económicos invertidos.
Le sucedió el emperador Arrigo VII, llegado a Roma para ser coronado emperador en la Basilica Lateranense, que en 1312 estableció en él su cuartel general, alojando a la corte y a las tropas e utilizando la Torre de las Milicias. En una primera fase, entre 1200 y 1250, la torre era alta y sutil, enteramente construida con bloques de toba, pero entre 1250 y 1280 fue rodeada con una potente muralla de ladrillo, cuya forma aun se conserva.
La Gran Aula, gravemente dañada y rebajada al rango de henil, fue denominada thermae de Paliariis. La reconstrucción con materiales diversos de tramos de la fachada del Cuerpo Central que dan a la via Biberatica y la pérdida de su parte terminal reflejan un abandono del edificio, al que quizá el destructivo terremoto de 1349 no ayudó, y que se saldó con el hundimiento de dichas partes.
En algunas imágenes gráficas de los siglos XV y XVI, la Gran Aula aparece ya carente de fachada, mientras el Gran Hemiciclo se muestra parcialmente enterrado. Los restos de la decoración de ladrillo de los quioscos inspiró a los arquitectos renacentistas en las fachadas de los nuevos palacios nobles.
