Età Medievale
“Tramontato” l’impero romano, si succedono gli interventi delle famiglie nobili della città che prendono possesso dei diversi edifici, frazionandone la proprietà e trasformando i Mercati di Traiano nel possente castellum Miliciae.
Il potentissimo papa Bonifacio VIII ne viene in possesso nel 1300 circa, ma non riesce a mantenerlo a lungo, malgrado le ingenti risorse economiche investite.
Dopo di lui, l’imperatore Arrigo VII, sceso a Roma per essere incoronato imperatore nella Basilica Lateranense, vi stabilisce nel 1312 il proprio quartier generale, alloggiandovi corte e truppe e utilizzando la Torre delle Milizie, che occupa il loggiato di un precedente palatium. In una prima fase, tra il 1200 e il 1250, essa era alta e sottile, costruita interamente in tufelli, ma successivamente, tra il 1250 e il 1280, foderata da un poderoso muro in laterizio, nella forma tuttora conservata.
La Grande Aula, gravemente danneggiata e declassata a fienile, viene denominata Thermae de Paliariis probabilmente per la presenza dei discendenti realizzati con tubuli.
La ricostruzione con materiali diversi di tratti della facciata del Corpo Centrale sulla via Biberatica e la perdita della sua parte terminale testimoniano un crollo rovinoso, forse da addebitarsi al distruttivo terremoto del 1349: i danni dovettero essere aggravati da anni di mancata manutenzione. In alcune rappresentazioni grafiche realizzate tra il XV e il XVI secolo, anche la Grande Aula appare ormai priva della facciata, mentre il Grande Emiciclo è ormai parzialmente interrato: quanto resta della decorazione laterizia delle edicole ispira trattatisti e architetti rinascimentali per le facciate dei nuovi palazzi nobiliari.
